第1話　「新たな輝き！」

近未来の日本。
小学生には手軽にデュエルを楽しめるバーチャルゲーム『デュエル フラッシュ』が大流行していた。
ニュータウンに引っ越してきた双子の姉弟、夢実ココロとテルももちろん『フラッシュ』が大好き！
転校早々、ココロは校内Nｏ．１デュエリストの座をかけて、紅騎（あかき）チシオとデュエルをすることに。
一方テルは、ナゾの人物から『フラッシュ』の対戦を挑まれる。
超強力なデュエルの腕前を持つナゾの人物の正体とは？

第2話　「運命のカード」

登校途中、偶然見かけた少女。
その声や仕草から、彼女こそが『フラッシュ』を挑んできた
ナゾの人物だと確信したテルは、彼女の後を追う。
そこでテルが見たものは、何と現実世界に飛び出しているクリーチャーだった！
彼女が去った後にはクリーチャーが描かれた一枚のカード残されていた。
それを手にするテル。学校に行っても、放課後友達と遊んでいても、
夕飯の時も、朝の出来事が気になって何も手につかない。
そんな時、カードを見たテルの父・大が、そのカード、
『デュエル・マスターズ』について語り始めた・・・。

第3話　「奪われたアーク」

ひょんなことから出会った老人、九守博士の家に招かれたテルとココロ。
そこには博士の孫娘、九守(くかみ)レイがいた。
ハッとするテル。
レイこそずっと探していたナゾの人物だったのだ。
そして、ココロは父にもらった『デュエル・マスターズ』カードでレイとデュエルすることに。
圧倒的なレイの力の前に次々倒されていくココロのクリーチャーたち。
クリーチャーが大好きなテルはそれを見て悲しみ、涙を流す。
その時、レイのペンダントに異変が！？

一方、ナゾの組織がレイのペンダントを狙い動き始めた。
ペンダントに隠された秘密とは何なのか！？

第4話　「ともだち」

ナゾの組織に奪われたレイのペンダント、『マスターズ・アーク』。
しかし自分達にはアークを扱うことが出来ないと知った組織は、
アークをレイの元に返し、様子を見ることに。
しかし、その役目を任せられたチカゲはレイを挑発、二人のデュエルが始まる！
強力なチカゲの攻撃の前にピンチに立たされるレイ。
レイを心配して追ってきたテルは心の底から彼女の勝利を願う。
その時、再びまばゆい光を発するアーク。
アークとテルには一体どんな関係があるのか！？

第5話　「敗北」

九守博士とレイにデュエルを習うテルとココロ。
テルはレイからもらった『超神星（ちょうしんせい）マーズ・ディザスター』の
カードを使い、偶然にもレイに勝利してしまう。舞いあがるテル。
ココロはそんなテルが気に入らない。
そんな時、謎の少年・ハヤテがテルの前に立ちふさがる。
ハヤテはテルに『デュエル・マスターズ』をやめろと宣言。
二人のデュエルが始まる。・・・が、超強力なハヤテの攻撃に大苦戦するテル。
ともだちと信じる『マーズ・ディザスター』のカードに望みをかけるが・・・！？

第6話　「立ち上がれ！テル」

謎の少年・ハヤテとのデュエルに敗れたテル。
ハヤテは「デュエル・マスターズにはもうかかわるな」と言いその場を去った。
ともだちと信じる切札カード『超神星マーズ・ディザスター』に裏切られたと落ち込むテルは、
デュエルをやめると宣言し、レイの家にも行かなくなってしまう。
そんなテルをココロやチシオ、パコがなぐさめるが・・・。
テルは再び立ち上がり、デュエルをすることが出来るのか！？

第7話　「アークの秘密」

父・大(だい)のアドバイスで、切札カード『超神星マーズ・ディザスター』を信じる心を取り戻したテルは、再びハヤテにデュエルを挑み、見事勝利する。
その時、輝きを放つレイのペンダント、『マスターズ・アーク』。
九守博士は『デュエル・マスターズ』、そしてアークに隠された秘密を語り始めた・・・。
アークに秘められたナゾの力とは何なのか！？
一方、アークをねらうナゾの組織にも新たな動きが・・・。
逃れられない運命がテルに迫り始める。

第8話　「仲間」

アークに隠された秘密の一部を知ったテルたち。
テルは自分の身に迫る運命に不安を覚えるが、チシオやパコはテルを強くし、アークを光らせようと、デュエルをけしかける。それが気に入らないテル。
そんな時、ネストの刺客、ジ郎太が現われた。
ジ郎太の光ブロッカーデッキの前に大苦戦したテルは、ささいなことからチシオと大ゲンカ、『僕に話しかけるな！』と言い放ってしまう。
このまま二人の心は離れてしまうのだろうか！？

第9話　「選ばれし者」

チシオのくれた『スマッシュブロウ・ドラグーン』のカードを使い、見事ネストの刺客・ジ郎太を倒したテル。
チシオやパコ、仲間たちとの絆をより深め、アークを光らせるための特訓を開始する。
一方、ネストもアークに選ばれし者・テルにターゲットを絞り、幹部のジンクロウ自らデュエルを挑みに現れる。
そして謎の少年・ハヤテの影。
それぞれの思惑が絡み、アークを巡る物語が動き始める。

第10話　「ハヤテＶＳホーク」

ジンクロウとのデュエルに勝利し、アークを輝かせたテル。
そんなテルに、謎の少年・ハヤテは『このままデュエルを続ければ、恐ろしいことがおこる』と言い残し、去って行った。
ハヤテの言葉の真意が気になるテルは、ハヤテを探しに町に出る。
一方ネストは、彼らの邪魔をするハヤテを排除しようと、ホーク自らがデュエルを挑むことに。
ハヤテとホーク、二人の闇文明使いの激闘の行方は！？

第11話　「疑い」

『カードのデュエルを続ければ、世界は滅びる』
ハヤテは確かにそう言い、去って行く。
テルはその真意を九守博士にたずねるが、『大丈夫』だと相手にしてもらえない。
何かを隠しているようなレイと博士の様子を不信に思うテル。
そんな時、テルの前にネストの幹部、エレガントな女性デュエリストのスワンが現れる。
ハヤテの言葉が気になりデュエルに集中できないテル。この勝負の行方は！？
そして、レイと博士は一体何を知っているのだろうか？

第12話　「別れ」

テルの信頼を失い、冷静さを失ったレイは、自分の力でアークを光らせようとスワンに挑む。
しかし不注意から、ダメージを負ってしまう。
介抱され、冷静になったレイは、テル達に全てを話すと決め、『世界が滅びる』というハヤテの言葉の意味、そしてアークを輝かせる、その目的について語り始める。
一方ネストのアジトでは、ボスが謎のエネルギー、『光の渦』の出現を予言。
ホークたちは、その出現場所にテルたちを誘い込もうとするが・・・！？

第13話　「新たな希望」

スワンとのデュエルに勝利したテルはアークを輝かせるが、ネストのボスが予言した通りに現れた『光の渦』がアークとシンクロ、渦はみるみる大きくなり襲いかかる。逃げる一同。
そんな時、パコが転んで渦に巻き込まれそうになってしまう。
とっさにパコネコが助けるが、逆に自分が光の渦の中に飲み込まれてしまった。
パコネコを失い、深い悲しみにつつまれるパコ。
そんなパコの前に現れたのは、なんと！？

第14話　「燃えろ！チシオ」

紅騎チシオは悩んでいた。
かつては校内ナンバー１デュエリストと呼ばれ、みんなの憧れの存在だったはずなのに、
カードのデュエルを始めてからはナンバー１はおろか、勝つことが珍しいという有様。
このままではイカン！と再びナンバー１を目指し、誇りを取り戻すことを決意したチシオは、
修行の旅に出ることに！！はたしてナンバー１デュエリストに返り咲くことはできるのか！？

第15話　「ココロの心」

テル、パコに続き、なんとチシオまでもがアークを光らせた！
一同は盛り上がるが、そんな中に浮かない顔が一人。
まだアークを光らせていないココロだ。大人ぶって、みんなの前でも気丈に振舞うが、一人取り残される焦りや不安でいっぱいのココロ。
そんなココロの前に、ネストのテンクロウが現れた！
ココロがアークを光らせたと勘違いしたテンクロウは、ココロにデュエルを挑むが・・・！？

第16話　「伝説のデュエリスト」

アークを光らせようと、デュエルのトレーニングに励むテルと仲間達の前に、再びハヤテが現れる。
テルのデュエルが世界の滅亡を引き起こすと考えるハヤテは、デュエルによる恐怖をテルに植えつけ、二度と立ち上がれないよう、全力をもってテルに挑んでくる。
勝負の結果、デュエルの恐怖に囚われてしまうテル。
そんな彼を救ったのは、あの“伝説のデュエリスト”だった！！
その正体とは！？

第17話　「超竜騎神」

“伝説のデュエリスト”切札勝舞との熱いデュエルの末、『仲間のクリーチャーを信じて戦えば、何も怖くはない』、という大事な気持ちを思い出したテル。
そんなテルに自分の切り札を差し出す勝舞。
『俺の友達だけど、きっと力になってくれるはずだぜ！』
テルにまた一つ、
新しい仲間が加わった。
一方ネストは、研究の末、再び『光の渦』が発生することを感知、テル達をその発生場所へ誘う。
はたして、今度は何が起きるのだろうか？

第18話　「ネストの狙い」

ネストの幹部・オウルとテルのデュエルに呼応するように現れた光の渦は、予想をはるかに超えたエネルギーで皆に襲いかかる。
渦に巻き込まれてしまいそうになったテルを救ったのは、なんと、テルを付け狙っていたはずのハヤテだった。
一方ネストのアジトでは、ボスが完全に石化してしまっていた。
「何故こんなことに？」ホークとオウルは、物語の始まりとなる８年前の出来事を思い出していた・・・。

第19話　「パコネコ危機一髪！」

パコネコは、せっかくカードになったのに、デュエルでパコの力になってあげられない自分に悩んでいた。
そんなパコネコを見かねて、思いっきりデュエルをしてみようと提案するテルたち。
そんなデュエルの最中、パコネコが実体化の兆候を見せた。
それを目撃したチカゲはパコにデュエルを挑む！
激しいデュエルの中でなんとパコネコが・・・！？
はたして勝負の行方は！？

第20話　「めざめろ！チシオ」

パコがアークを光らせクリーチャーを飛び出させたことで、チシオは焦りを感じていた。
そんな時、テルたちの前にネストの幹部・スワンが現れる。
３対３のデュエルを挑んでくるスワン。
今、テルＶＳスワン、パコＶＳテンクロウ、そしてチシオＶＳジンクロウの激しいデュエルの火蓋が気って落とされた！
はたしてチシオは再びアークを光らせ、クリーチャーを飛び出させることができるのか！？
そしてネストとの勝負の行方は！？

第21話　「再会」

テルたちとネスト、３対３の激しいデュエルの末、
チシオはクリーチャーを飛び出させ、アークは今までにない光を放つ。
と、その時、アークからレイの父・玄と母・幸子の幻影が現れた。
アーク開放の時は近いと判断したネストは、テルたちに再び３対３のデュエルを挑んでくる。
ついにアークは開くのか！？
そして言い伝えどおり、世界は滅びてしまうのだろうか！？

第22話　「守護竜復活」

ココロもついにアークを光らせ、クリーチャーを飛び出させた！
その時、すさまじいエネルギーとともについにアークが開き、レイの両親が復活、さらにパコネコも実体を取り戻した。
再会を喜ぶ一同。
そしてネストは自分達の正体、そして目的を明かすのだった。
そんな平和も束の間、アークから開放された守護竜の力を手にしたチカゲが、テルに襲い掛かる。
超強大な力を持ったチカゲのデュエルとは！？

第23話　「テルVSハヤテ」

守護竜の力を手にしたチカゲは、その驚異的な力で、町を、そして人々を石へと変えていく。
そんなチカゲを倒すべく、デュエルを挑むテルだったが、その絶対的な力に敗北してしまう。
そしてチカゲと深い因縁を持つハヤテもまた・・・。
その時、チカゲの体が光につつまれ、守護竜との合体を果たす。
世界の全てを破壊すべく、飛び去るチカゲ。
取り残された一同を絶望が襲う。
果たしてチカゲを倒し、世界を救うことは出来るのだろうか？