光熱斗とロックマンはネットセイバーとして、相変わらず多忙な日々を送っていた。 そんなある日。 獣の姿を持つ電脳獣・グレイガと鳥の姿を持つ電脳獣・ファルザーが現れ、 現実世界、電脳世界の区別なく暴れまわるという事件が起きる。 そしてその日を境に不気味な事件が連続して発生するようになった。 獣化した姿を持つ電脳生命体・ゾアノロイドが熱斗たちの世界に現れ、 熱斗たち、ロックマンたちの住む世界を脅かし始めたのだ。 祐一朗は、彼らがビヨンダードと呼ばれる異世界からやって来た存在だと推測、 サイバーワールド内に生じた歪みが異世界につながり、そこから侵入してきたのではないかと考える。 グレイガ軍とファルザー軍はビヨンダードの二大勢力であり、 二派の対立による戦争状態が続いていた。 そしてその余波は熱斗たちの住む世界をも侵食しはじめたのだ。 しかしビヨンダードから来たのは彼らだけではなかった。 綻びを通ってやってきた謎のナビ・トリル。トリルの持つ不思議な能力は ロックマンを「獣化」させ、ゾアノロイドとの戦いは激化していく。 そして、熱斗の前に現れた不思議な少女…彼らとの出会いをきっかけに、 熱斗とロックマンの冒険は異世界・ビヨンダードへと広がっていく。 熱斗とロックマンは、ビヨンダードからの侵略を防ぐことができるのだろうか…！？