200X年。インターネットなどの発達により、人類はネットワークの時代を迎えていた。
人々は誰もが“PET”と呼ばれる携帯情報端末を持っており、さらにそのPETの中にネットナビという疑似人格プログラムが組み込まれている。
小学五年生の光熱斗と彼のオリジナルネットナビ・ロックマンは、偶然にも謎の組織・ＷＷＷ（ワールドスリー）の凶悪犯罪に巻きこまれてしまう。