邪悪な電脳生命体・ネビュラグレイが「電脳世界」で始動。
世界各地で非物質化現象が発生し、次々と「現実世界」が消滅していく。
このまま、ネビュラグレイ が完全体へと進化したとき、「現実世界」と「電脳世界」が逆転する。
そして地球は消滅し、巨大な電脳空間へと変貌するのだ。
世界の平和を守るネットセイバー・光熱斗（ひかりねっと）は、パートナーのネットナビ・ロックマンとともに、ネビュラグレイを破壊しようとする。
が、行く手を阻むものが……最強のネットナビ・フォルテだ。
さらに、敵か味方か、正体不明のネットナビ・カーネルが現れる。
世界の消滅を阻止するために、ロックマン史上最大のネットバトルが今、始まる！！