２２０Ｘ年―
地球のあらゆる電波・通信を管理する三基のサテライト…ペガサス、レオ、ドラゴンの完成で、人類の通信環境は飛躍的な進化を遂げた…
街は電波を利用した無公害エネルギーに溢れ、電波を擬似物質化する事で、豊かな生活を人類にもたらした。

が、その地球を破壊すべく、好戦的な電波星人の住む星、ＦＭプラネットが攻撃を開始…

星河スバルは、宇宙からの逃亡者ウォーロックと合体し、電波世界のヒーロー、ロックマンに電波変換するのだ！！