FM星人たちはアンドロメダ復活を賭け、地球に一斉攻撃をしかけてきた。応戦するロックマンとハープ・ノート。だが戦いの中、キャンサーが持っていたアンドロメダの鍵が壊れてしまい、ＦＭ星人達は愕然とする。

アンドロメダを起動させるため行動を開始するジェミニ・スパーク。北極海に浮上したアンドロメダは氷の中で目覚めようとしていた。そしてその周辺区域では、大規模な電波障害が発生して混乱状態となっていた。

ミソラのコンサートの最中、ジェミニ・スパークがハープに襲いかかってきた。ハープ・ノートに変身して戦うミソラ。ロックマンも駆けつけ、ジェミニ・スパークとの激しい戦いが繰り広げられるが･･･

ついにアンドロメダが動きはじめた。街を破壊するアンドロメダに逃げ惑う人々。スバルとミソラはアンドロメダを止めるため変身して戦う。