第１話 『デュエル スタート！』
デュエル大好きの熱血デュエリスト・切札勝舞（きりふだしょうぶ）の元に届けられ
た謎の「スラッシュ・デッキ」。
親友の角古れく太（かどこれくた）によると、スラッシュ・デッキとは、謎の人物が開く謎の大会への参加証らしい。
大会へ挑むことを決めた勝舞とれく太。大会には最強のライバルも参加していた！！
どうなる勝舞！？
第２話 『スラッシュ・デッキ』
勝舞たちを乗せた客船は会場となる海上都市へと到着した。
すると、突然流れる謎の仮面男の声。
彼は語る・・・。この大会では、胸につけた3つの「デュエル魂(だま)」を賭けてデュエルをすること。見事5つのデュエル魂をそろえたら勝ち残れる、と。
さらに驚きの事実が！！それは、「スラッシュ・デッキ」から20枚をベースに、限定されたカードを使用して40枚のデッキを組むという変則ルールの採用だった！
はたして勝舞は勝ち残れるのか！？
第３話 『マナコスト』
なかなか調子をつかめずに失っていたデュエル魂を次々と取り戻していく勝舞。
そんな勝舞の前に現れたのは謎の少年とサルのコンビだった。
意味深なセリフを残して去る少年。
そんな時、謎の仮面男は再びルールの変更を宣言する。
それはなんと、「マナコスト６以上のカードを使用してデッキを組め』というもの。
驚きつつもそれぞれが最強を目指してデッキを組む中、れく太は自分の好きなカードをいっぱい使えると大喜び！
誰よりも早くデッキを組んでデュエルを挑みに飛び出したのだが・・・！？
第４話 『五つの魂』
謎の少年・ジュラとのデュエルに敗れた勝舞。
ジュラは『デュエルは、勝つことがすべてだ』という白凰と同じ言葉を残し、去って行った。
気持ちを入れ替え、デュエル魂を４つへと戻した勝舞とれく太だったが、そんな時、仮面の男がルール変更を宣言。
それは、今までとまったく逆、「マナコスト５以下のカードを使用してデッキを組め」というものだった。デッキを組み終えた勝舞だったが、デュエル相手が見つからず・・・。
一方、れく太のもとへはジュラ＆ジューンの影が忍び寄っていた・・・。
第５話 『真のデュエル』
正々堂々とデュエルをし、デュエル魂を５つにした勝舞。
その時、仮面の男からタイム・アップが宣言された。仮面の男は語る。
この大会は、５名のデュエリストを選抜するためにあるのだと。
一週間後、再び会場に集まることが告げられ、一同は解散した。
日常へと戻った勝舞とれく太。
そこへミミとジョージがあらわれ、デュエルの権威、Ｄｒ．ルートの研究所へ誘う。
研究所には、なんと白凰の姿が！？
そしてさらなる強敵も現れた・・・。
どうなる勝舞！？
第６話 『切り札』
Ｄｒ．ルートの研究所で出会った真のデュエリスト・オーガ。
勝舞はドラゴン軍団を召喚し、全力でデュエルするが完敗してしまう。
落ち込む勝舞にルートは小さな木箱を手渡す。
その木箱の中に入っていたのは１枚のデュエル・マスターズカードだった。
カードを手にした勝舞は思い出す。
幼い頃に目の当たりにした、そのカード「ボルメテウス・武者・ドラゴン」の恐るべき力を。
そして再び、海上都市での謎の大会の幕が開く！！
次なるデュエルははたして！？
第７話 『ドラゴンVSエンジェル』
新たな切り札「ボルメテウス・武者・ドラゴン」を手にし、自信を取り戻した勝舞。
仲間達もそれぞれ勝ち進み、たがいの勝利を喜んでいたその時、仮面の男から新たな発表が行われる。
それは、今まで使用していたカードの代わりに、２つの新たなデッキを使用しても良い、というものだった。
一つは巨大なパワーを持つエンジェル・コマンドを中心とした「エンジェルデッキ」。そしてもう一つが数々の強力ドラゴンを有する「ドラゴンデッキ」。
この２つのデッキを使うのか否かがデュエルの鍵を握るのか！？
はたして勝舞は？？
第８話 『無限VS武者』
勝舞は「ドラゴンデッキ」を使い、見事に対戦相手の坂田ワタルを倒す。
ワタルは自分の敗北を心の底から悔やみ、『デュエルは勝つことが全てだ〜！』と叫び、地下へと消えていった。
『勝つことが全て』という白凰の言葉。
デュエルの意味、それが何なのかわからなくなった勝舞は深く思い悩むが、ミミ、そしてジョージの説得で、再び自分の信じるデュエルを貫くと決めた！
そんな勝舞の相手は、因縁の相手、ジュラ！！
勝舞の切り札『ボルメテウス・武者・ドラゴン』と、ジュラの切り札『ジオメテウス・無限・ドラゴン』の決戦が今、始まる！！
第９話 『白凰VSミミ』
強敵・ジュラとのデュエルに敗れた勝舞は、５つの「デュエル魂（だま）」全てを失い、地の底へと落とされてしまう。
そこでれく太と再会、他にも敗れたデュエリストたちが集められていた。
敗者復活を狙う一同に、仮面の男は「デュエル・コンピュータ」とのデュエルを提案、勝てば望みを叶えてくれるという。
わき立つ一同。だが勝舞は・・・！？
一方地上では、勝ち残った白凰と黄昏ミミのデュエルが始まろうとしていた。
ミミは憧れの白凰に勝つことができるのか！？
第10話 『地の底』
デュエルに破れて落ちた地の底でも、勝舞とれく太は自分達の信じるデュエルを貫いていた。
楽しげにプレイする二人。
地上に戻るべく、必死に「デュエル・コンピュータ」に挑んでいるデュエリスト達にはそれが理解できない。
そんな中、かつて勝舞に敗れたデュエリスト・坂田ワタルが、その恨みを晴らすべく再び勝舞にデュエルを挑んできた。
その頃地上では、ジョージとジュラのデュエルが始まろうとしていた。
地上と地下で行われる2つのデュエルの行方は！？
第11話 『最後の望み』
地上ではミミ、ジョージ、白凰、そしてジュラ達が熱いデュエルを繰り広げていた。
一方、敗者の集う地下では、勝舞とのデュエルを通じて“デュエルの楽しさ”を思い出した坂田ワタルが、「デュエル・コンピュータ」とのデュエルを勝舞に薦めていた。
れく太、そして地下に落とされた多くのデュエリストの声援を受け、ついにコンピュータへ挑む決意をする勝舞。
相手によって変幻自在にデッキを組み替えるというコンピューターに勝つことができるのか！？
