無数の「デュエル魂」が集まり、巨大に輝く、ただひとつの「デュエル魂」が現われた。
クリーチャーを操るというその力を手にするべく、あの男がプロフェッサー・マーチに牙をむく。
マーチから奪い手に入れた切札「暗黒凰デス・フェニックス」を操り、勝舞に最後のデュエルを挑んできた！
武者ＶＳゼロ、人類の未来をかけたラストデュエルの行方は！？