電波によるテクノロジーが発達した未来。人類はその技術を利用し、遥か遠い異星の知的生命体とのコンタクト計画を進めていた。主人公、星河スバルは宇宙飛行士の父を持つ少年。ある時スバルの家に父の後輩・天地が訪ねてくる。天地が差し出したのは父、大吾が開発したというメガネ、ビジライザーだった。

登校拒否を続けているスバルの家に、クラス委員長の白金ルナが訪ねて来る。ルナから逃げ出したスバルは、ビジライザーを通してぶつかり合う謎のふたつの光を目撃する。

スバルが見た光の正体は電波の体を持つ異星人ウォーロックだった。自分のトランサーの中にウォーロックをかくまうことになったスバル。ウォーロックと共に街へ出かけたスバルは電波ウィルスが引き起こす事件に巻き込まれてしまう。

ウォーロックと合体して電波人間に変身したスバルはウォーロックに言われるまま電波ウィルスとのバトルに突入する。電波空間内での体験に戸惑いながらも、必死で戦うスバルだが･･･

ロックマンに変身したスバルは電波ウィルスを倒すため、電波空間を駆けめぐっていた。一方、天地の後輩、宇田海は周囲に隠れてある研究を進めていた。

自分の発明を他人に奪われるのではないかと疑心暗鬼に駆られた宇田海は、ＦＭ星人キグナスに取り付かれてしまう。宇田海とキグナスは合体し、キグナス・ウィングに変身する。

キグナス・ウィングとロックマンはＡＭＡＫＥＮ内で激しい戦いを繰り広げる。だがバトルの最中、キグナス・ウィングは手下を放ち姿を消してしまう。キグナス・ウィングが向かったのは宇宙空間だった。

ウォーロックは学校に興味を持ち、スバルに学校に連れて行けと口うるさく要求する。仕方なく学校へ行くことにしたスバル。委員長のルナは大張り切りでスバルの世話を焼く。

オックスはゴン太と合体してオックス・ファイアに変身、学校内を破壊しはじめる。スバルはロックマンに変身してオックス・ファイアと戦う。そんな中、ルナがオックス・ファイアに捕えられてしまう。

深夜、自分にしか聞こえない音色に誘い出されたウォーロックは新たなＦＭ星人ハープと出会う。ハープは人間の少女と合体してハープ・シンガーと名乗りウォーロックを倒そうとする。