最終兵器・アンドロメダが動き始めた。アンドロメダの鍵を取り戻すためＦＭ星人達と戦うロックマン。その間にもアンドロメダは地球の内部へと進行し続ける。ロックマンはスターフォースの力で強力な攻撃を繰り出しFM星人達に対抗しようとする。

FM星人達はFM星へ帰ろうと通信を試みるが、母星からの応答はなく意気消沈。一方、アンドロメダの鍵はなぜかキャンサーの手に渡っていた。これさえあれば地球抹殺の任務を遂行できると意気込むFM星人達だったが･･･

アンドロメダの鍵を再び起動させるため、地球人からマイナスエネルギーを集めることを決意したFM星人達。だがどうすればよいかがわからず頭を悩ませる。とりあえずは怖がらせてみようと、オックスとウルフは電波変換して街を襲い始めた。駆けつけたロックマンに、オックス・ファイア達はアンドロメダの鍵の復活を告げる。

ゴン太の勉強をみてやっていたルナは、ゴン太の姿で行動していたオックスをゴン太だと勘違い。それが原因でルナとゴン太の仲が険悪になってしまう。キザマロは二人を心配するが、その後街で見かけたルナとゴン太は予想外に親密な様子だった。キザマロは二人がデートをしていると思い込む。

キザマロはルナとゴン太に気を使い、スバルにも二人の恋路の邪魔をしないよう指導する。が、スバルはキザマロが見たルナとゴン太はオヒュカスとオックスなのではと疑う。一方、二人のことが気になって仕方がないキザマロはゴン太達の後をつけ始めた。

人間のマイナスエネルギーについて調べるため、テレビのクイズ番組の司会の仕事を始めたリブラ。だがタレントとして人気者になってしまい、本来の目的を忘れて舞い上がる。他のFM星人達はそんなリブラをやっかみ、リブラ出演の番組をつぶそうと画策する。

リブラが司会を務めるクイズ番組に乱入してきたFM星人たち。収録会場にはあかねと響ミソラも居合わせていた。自宅のテレビを見ていて騒ぎに気づいたスバルは電波変換して会場へ駆けつけるが･･

巷ではトランサーやウェーブスキャナーの中で育てる電波ペットが流行中。一方、ウルフは他のFM星人達と大ゲンカの末、アジトを飛び出し五陽田に追われる羽目に。手近な人間の持っていたウェーブスキャナーの中に潜伏するウルフだが･･･

スバルはウォーロックを電波ペットに仕立て、電波ペットコンテストに出場することになった。順調に決勝へと進んだウォーロックは、ウルフによく似たペット、リッキーと対決することになる。

町に繰り出したキャンサー・バブルは、ルナたちと遭遇。ロックマンとハープ・ノートの仲に嫉妬し、怒りまくりのルナの勢いに圧倒されたキャンサー・バブルは、そのエネルギーがあればアンドロメダの鍵を起動できるのではないかと考える