ゾイド・バトル！
巨大なゾイドを自在に操り、華麗な戦いを人々に見せる競技のことだ。
その競技者であるズィーファイターは、人々の憧れの的だった。

ブルーシティに暮らす少年・ＲＤは、父が残してくれたゾイド・ライガーゼロに乗り、バトルリーグで戦うズィーファイターだ。ズィーファイターとしてトップクラスに入り、その賞金で父が言っていた伝説のゾイドを探し出す。それがＲＤの夢だ。
だが、バトルリーグに出場するのも楽ではない。試合のエントリー料を稼ぐため、所属チーム・マッハストームの仲間と共に、何でも屋家業を続ける日々……。

そんな彼らの前に、ゾイド・バトルを一新する「ユニゾン・ゾイド」が現れる。
「ユニゾン・ゾイド」は、複数のゾイドが合体することで、通常の何倍もパワーアップすることができるのだ！

そして、ライガーゼロが「ユニゾン・ゾイド」だったことから、ＲＤたちは次々と現れる強敵ゾイドと戦うこととなる。
そして、サンドラ率いるチーム・サベージハンマーに所属する、ＲＤのライバル・ブレードとの因縁の対決。
その過程で見えてくる巨大な組織の影！

「ユニゾン・ゾイド」に隠されたブルーシティを巡る陰謀とは！？
強力なゾイドたちに勝利し、ＲＤは組織の陰謀を阻止することができるのだろうか！？