チルドレンたちの力を危険視する政府高官から尋問を受ける桐壺や皆本たち。
数々の器物損壊の事例、そして『ザ・チルドレン』は天使か？悪魔か？を予知した『懸案事項666号』を取り上げ、チルドレンの危険性を訴える高官たち。
その時、蕾見が「チルドレンが国の利益に繋がることを証明する」と宣言した。
一方、その頃チルドレンたちは下校直前。その時、校門の奥からドシン、ドシンという大きな音が響いてきた。その音の正体は、なんと巨大なゾウ。
そしてゾウに乗った王子様、インパラヘン王国の皇太子、バトゥラ17世だった！！

エスパー犯罪組織『ブラック・ファントム』のアジトでは、チルドレンに興味を抱いた首領が、配下のエスパーを日本へ差し向けようとしていた。
その頃日本では、薫が皆本とともに、バベルの研究施設へ出かけようとしていた。“トリプル・ブースト”の力が薫にもたらす影響を調べるためだ。その結果解ったのは・・・！？
そして残された葵、紫穂にも海底トンネルで起こった火災事故の解決というミッションが。
現場に急行した二人を待ち受けていたのは、『ブラック・ファントム』の少年エスパー、ティム・トイだった！！二人の運命は！？

チルドレンは宇宙空間での任務を想定した訓練を行っていた。国際月ステーションの建設という日米合同プロジェクトに備えてのものである。
訓練後の検査室、テレビのニュースでもその話題が大きく取り扱われていた。プロジェクトの第一段階として、5日後にシャトルの打ち上げが行われるらしい。
と、テレビに映し出されたシャトルの女性クルーを見た皆本がふと呟いた。「キャロライン・・・。」女性との関係を疑うチルドレンだったが、その時、バベル本部に侵入者が！その侵入者とは、先程の女性クルー、キャロラインだった！！皆本とキャロラインの関係は！？

コメリカによる高レベルエスパー開発実験により、キャロラインの中に生まれた人格、キャリー。大学時代の皆本は、幼い人格だったキャリーを育てた親代わりであり、キャリーにとってかけがえのない存在となった。
だが、母体であるキャロラインのため、キャリーは自らの存在を封印し、二人には悲しい別れが訪れた・・・。
そして現在、なぜか再び目覚めたキャリーは、皆本をバベル本部から誘拐、コメリカ政府による追跡チームから逃走していた。
逃走の中で、かつての感情をよみがえらせる二人。
一方、チルドレンは皆本を取り戻すべくキャリーを追おうとするが、蕾見に制止され、監禁されてしまい・・・！？

小学生たちの潜在超能力を測定する『全国一斉ESP検査』が行われる時期がやってきた。チルドレンたちの通う六條院小学校でも実施されるのだが、チルドレン３人の秘密を守るため、皆本や賢木らが検査スタッフとして駆り出されていた。そんな中、皆本が気になる数値を持つ児童を発見する。少年の名は河村タケシ。
超能力が発現する直前のエスパーである可能性が非常に高く、予測される能力は最高でレベル６だという・・・。
しかも、彼の父親は反エスパー団体『普通の人々』の支援者だと言われていて・・・・・・。