皆本が訓練でしばらくの間家を空けており、チルドレンの３人は元気がない様子・・・。
そんな下校途中、３人の上空から一冊のノートが落ちてきた・・・。
ノートは『そのとおりになるのです帳』。そのノートに書かれたことは高確率で現実になるという・・・。
賢木を交え、ノートの真贋について話し合う中、試しに書いた『皆本が今すぐに帰ってくる』という記述が、なんと現実に起こってしまう。
『本物だ！！』とてつもない力を秘めたノートを巡り、チルドレンたちの想像を絶する頭脳戦が繰り広げられることに・・・。
はたして、新世界の神になるのは誰だ！？（嘘）。

深夜、蕾見管理官に呼び出された皆本。用件は『懸案事項666号』について。『ザ・チルドレン』がこの世に破壊をもたらす悪魔となる確率がさらに上昇したのだという・・・。チルドレンの未来を守り抜くため、と蕾見は再び皆本にブラスターを手渡すのだった。一方、兵部の肉体にも異常が起こり始めていた。残された時間が少ないと考えた兵部は、ある行動に出た。チルドレンは、そして未来は一体どうなってしまうのか・・・？時計は一旦その針を進め、未来の想い出を語り始める。そこには、大人になった薫、葵、紫穂の姿があった・・・・・・。

高級ホテルで犯罪者を捕らえる任務についたチルドレンの３人。思わぬ反撃であわや皆本が・・・というピンチを薫が救うが、その後突然、力の制御が出来なくなってしまう。検査の結果、薫の脳に微細なダメージが見つかる。そんな中、チルドレンに出動命令が下るが、薫は出動不可、ダメージが回復するまで超能力の使用禁止を告げられ、お留守番をすることに。一人取り残され寂しい薫は、かつて同じような経験をしたことを思い出していた・・・。と、そこに澪と桃太郎が現われた。ともに『ブラック・ファントム』と戦おうと誘う、澪。薫とパンドラメンバーの共同戦線が始まる！？

事件解決のために出動していた谷崎主任が何者かに襲撃され、記憶喪失の状態で発見された。発見時、谷崎の手には『アザミの花』が握り締められていたらしい。そんな中『ザ・チルドレン』に出動要請が入る。いつも通りの活躍で、見事国際ギャング団の検挙に成功するが、最後に検挙したエスパーは記憶を失っており、その場には件の『アザミの花』が残されていた。アザミの花言葉は、報復・・・。そして記憶の操作・・・。残されたヒントから、皆本が事件の背後にいる存在に気付いた時、その魔の手が皆本に迫り、記憶を奪われてしまう！さらに兵部の暗躍も相まって、事態は皆本が子供になってしまうという史上最大のトラブルへ！！どうするチルドレン！？

謎の敵に記憶を奪われ、精神が10年前に戻ってしまった皆本。さらに兵部の催眠能力によって、10年前の姿に見えるように視覚情報を操作されてしまう。そこに存在するのは紛れもない、10歳の皆本少年。さらに兵部は、パンドラのメンバーを使ってチルドレンが通う小学校を占拠、皆本とチルドレンがクラスメイトとして過ごせるよう、お膳立てをする。その天才ゆえに小学校に通うことが出来なくなってしまった皆本少年は喜ぶが・・・。兵部の行動の目的とは！？そして、皆本の記憶を奪った謎の敵も動き出し、ザ・ハウンドが倒されてしまう。一体どうなってしまうのか！？